Rupert Wöhrenschimmel wurde am 16. Juli 1937 in Weyer geboren. Nach der Pflichtschule arbeitete er einige Jahre als Schneider. Die Matura absolvierte er 1956 an der Arbeitermittelschule in Linz. Danach trat er in das Linzer Priesterseminar ein und wurde am 29. Juni 1968 im Mariendom Linz zum Priester geweiht.

Von 1968 bis 1969 war Rupert Wöhrenschimmel Kooperator in Maria Neustift und Pfarrprovisor in Laussa und wirkte danach bis 1973 als Kooperator in Vöcklamarkt. Anschließend war er für kurze Zeit jeweils als Pfarrprovisor in Neukirchen an der Vöckla sowie als Kooperator von Linz-St. Franziskus tätig.

1974 kam Rupert Wöhrenschimmel als Seelsorger nach Steyr-St. Anna, vorerst als Expositus. 1987 wurde er zum Pfarradministrator bestellt. Er emeritierte dort 2002, war jedoch weiterhin für seelsorgliche Aushilfsdienste im Dekanat Linz-Süd tätig. 

Zudem wirkte er von 1981 bis 2002 als Krankenhausseelsorger im Krankenhaus Steyr.
Am 1. Jänner 2018 wurde er pensioniert.