Die KHJÖ wurde auf Initiative des Wiener Studentenseelsorgers Karl Strobl unter Beteiligung von Studierenden der Universitäten Graz, Innsbruck, Salzburg und Wien zu Pfingsten 1946 in Salzburg ins Leben gerufen und als studentische Gliederung der Katholischen Aktion positioniert.
Bereits 1962 wurde der Linzer Priester (und spätere Professor für Pastoraltheologie an der Kath. Privatuniversität Linz) Dr. Wilhelm Zauner seitens der Diözese Linz mit der Studierenden-Seelsorge betraut und 1966 – zeitgleich mit der Gründung der Joh. Kepler-Universität Linz – zum Linzer Hochschulseelsorger ernannt.
