Das alles überragende Stück im Inneren der Kirche ist der prachtvolle Hochaltar, der in seiner stilistischen Bedeutung und in seiner hochrangigen künstlerischen Qualität beeindruckt. Er stand bis 1712 als Hauptaltar in der Stiftskirche von Kremsmünster und wurde dann in veränderter Form nach Grünau übertragen.
Der Weilheimer Hans Krumper (bedeutender Architekt und Bildhauer der Renaissance in Süddeutschland) empfiel im Jahre 1614 in einem Brief an den Abt von Kremsmünster seinen Schwager Hans Degler und den Maler Georg Scheible (beide ebensfalls aus Weilheim) als erfahrene Künstler für geplante Arbeiten und berichtet, dass er mehrere Altarentwürfe (wahrscheinlich für die beiden Seitenchoraltäre) ausgearbeitet habe. 1616 wird erstmals vom Hochaltar oder Choraltar gesprochen, dessen Ankauf inzwischen vertraglich festgelegt wurde. Der Maler Scheible arbeitet an der Fassung des Hochaltares seit Ostern dieses Jahres in Kremsmünster, während Degler seine Arbeiten mit sechs Gesellen in Weilheim ausführt. Die Altararchitektur baut der seit 1612 in Kremsmünster als Hoftischler beschäftigtr Hans Schiele, ebenfalls ein Bayer. 1618 quittiert Scheible die Faßarbeiten mit insgesamt 4000 Gulden; seine Arbeit war also abgeschlossen.
Kompliziert wird die Sache dadurch, dass in den neuen Altar ein Teil des in Kremsmünster seit 1513 vorhandenen spätgotischen Flügelaltares übernommen wurde. Die Mittelgruppe im Obergeschoss (Christus als Weltheiland, hl. Benedikt, hl. Agapitus) stammt aus dem Schrein des Altares, vom Nürnberger Bildhauer Johannes Peysser geschaffen. Wahrscheinlich wurden auch Teile der gotschen Architektur eingebaut, denn die beiden Relieftafeln zu Füßen der Mittelgruppe zeigen den Stifter des Peysser-Altares, Abt Johannes II. (links) und seinen Konvent (rechts; die Tafeln sind von den seitlichen Emporen aus sehr gut sichtbar). Die Veränderungen anläßlich der Übertragung von Kremsmünster nach Grünau sind leicht festzustellen, da die ursprüngliche Erscheinung des Altares in einem Rotelbuch des Stiftes (1642) festgehalten ist.
Die Figuren beiderseits des Tabernakels, die hll. Melchisedek und Johannes der Täufer, stehen dort als Zeugen für die Bedeutung des Altarsakramentes, dessen Verehrung im Tridentiner Konzil besonders gefördert worden war. Die beiden Plastiken sind von Hans Degler selbst geschaffen. Über dem Tabernakel (1712) der Kirchenpatron hl. Jakobus d. Ä. als Pilger (Anfang 18. Jh.). Die Hauptgruppe im Obergeschoß stellt die drei Patrone des Stiftes Kremsmünster dar. Die Figuren weisen epigonale Bezüge zu gotischen Schreinplastiken auf - ins Monumentale gesteigert. Sie zeigen Hans Peysser als einen Schnitzer, der die "modernen Ideen" der Renaissance mit der gotischen Tradition verbindet, wie sie besonders in Nürnberg stark gegeben war. Der hl. Agapidus hat einen Löwen zu seinen Füßen (früher waren es zwei), weil er in jungen Jahren den Raubtieren vorgeworfen wurde. Die Reliquien dieses Märtyrers befinden sich seit dem Ende des 9. Jh.s. im Stift Kremsmünster. Besonders auffallend ist die Stellung Christi mit nur einem Fuß auf der Weltkugel. Diese sonderbare Haltung geht nach der Meinung eines bedeutenden Kunsthistorikers auf graphische Vorlagen Dürers zurück, der das Vorbild in Italien gesehen hatte. Die beiden Figuren außerhalb der dreiteiligen Nische, der hl. Bruno (links) und der hl. Bernhard (rechts), sind Schöpfungen der Degler-Werkstätte. Die Ornamentik des Altares ist überaus reich und vielfältig. Auf dem (heute schwarzen, ursprünglich wahrscheinlich dunkelbraunen) Architekturbau trägt sie sehr viel zur eindrucksvollen Wirkung bei. Es zeigen sich Beziehungen zur Nürnberger, zur niederländischen und zur oberitalienischen Kunst. Der Hochaltar wurde 1880, 1959 (A. Pössl, Wels) und 1983 (F. Fuchs, Amstetten) renoviert. Unter Pfarrvikar P. Martin Eigner wurden 1968 ein Volksaltar und ein Ambo (A. Pössl), welche zur wertvollen Einrichtung der Kirche passen, im Altarraum aufgestellt.
Im Chorraum stehen weiters die Statuen der hll. Joseph, Johannes Nepomuk, Sebastian und Florian. Die beiden letztgenannten wurden 1730 aufgestellt und stammen auch aus dieser Zeit. Die anderen sind einige Jahrzehnte jünger. Die Figuren sind von Mittlerer Qualität und neu gefasst.
