Das Chorgestühl stammt aus dem Kloster Garsten und wurde 1633 von Michael Obermüller, einem Benediktinerbruder, geschnitzt.

An das Langhaus der Kirche grenzt rechts die Marienkapelle an. Sie wurde 1930 an Stelle von zwei früher existierenden Kapellen (Loretokapelle, Johannes v. Nepomuk-Kapelle) gebaut. Über dem Tabernakel befindet sich eine Madonnendarstellung.

Die Brucknerorgel im Alten Dom Linz (Jesuitenkirche St. Ignatius) zählt zu den bedeutendsten Klangdenkmälern Österreichs. 

Anton Bruckner wirkte von 1855 bis 1868 an der damaligen Domkirche (heute: Ignatiuskirche) als Organist. Mit Bischof Rudigier verband ihn eine Freundschaft; mehrmals ließ der Bischof die Kirche zusperren und Bruckner für sich allein spielen, was seiner Seele gut tat.

Die Sakristei ist ein Juwel barocker Formenfreudigkeit. Die Schränke wurden von einem unbekannten Jesuitenbruder im 17. Jahrhundert geschnitzt.

Die Ignatiuskirche ist ein Ort der Versöhnung.

Sie sind eingeladen, hier Versöhnung zu finden.