Gaius  übernahm sein Amt am 17. Dezember 283; seine Amtszeit lag in der Pause zwischen den Verfolgungen der Christen unter Valerius und Diokletian. Nach dem Papstbuch aus dem 5. Jahrhundert stammte Gaius aus dem Geschlecht des Kaisers Diokletian.

Der Sohn einer angesehenen Familie erhielt seine Ausbildung an der Domschule in Köln. In Trier trat er 1036 in den Benediktinerorden ein. Später wirkte er am Kloster in Gladbach, dem heutigen Mönchengladbach, ab 1064 war er Abt in Brauweiler. Er verfasste bedeutende theologische Schriften und setzte sich mit Nachdruck für Kirchenbauten und Klostergüter ein. Schon zu Lebzeitzen wurden zahlreiche Wunder mit seiner Person verbunden.

Agapitus war der Sohn des römischen Priesters Gordianus, der in den Unruhen zur Zeit des Papstes Symmachus erschlagen wurde. Agapitus wurde 535 zum Papst gewählt. Seine erste Amtshandlung war, den Bann zu verbrennen, den sein Vorvorgänger Bonfatius II. gegen Dioskur ausgesprochen hatte. Er setzt die Beschlüsse des Konzils von Karthago - dem heutigen Vorort von Tunis in Tunesien - in Kraft, nach denen ehemalige Anhänger des Arianismus keine kirchlichen Ämter übernehmen konnten.
Nachdem die byzantinischen Truppen unter Belisarius schon Sizilien erobert hatten und nun Italien bedrohten, sandte Gotenkönig Theodehad den Papst nach Konstantinopel - dem heutigen Ístanbul in der Türkei - zu Kaiser Justinian; um die Reisekosten aufzubringen, musste Agapitus die heiligen Gefäße der römischen Kirchen verpfänden. In Begleitung von fünf Bischöfen und eines stattlichen Gefolges kam er im Februar 536 in die Hauptstadt des östlichen Reichsteiles; aber wie Agapitus vorhergesehen hatte, scheiterte seine Mission: Justinian beharrte auf seinen Rechten. Für die Kirche war die Reise dennoch ein Erfolg: eine Unterminierung der Beschlüsse des Konzils von Chalcedon konnte gerade noch rechtzeitig verhindert werden, Justinian übergab dem Papst ein schriftliches Glaubensbekenntnis.
Wenig später wurde Agapitus krank und starb nach zehnmonatiger glänzender Regierungszeit. Seine sterblichen Überreste wurden in die Peterskirche nach Rom überführt.