Der Bau unserer Pfarrkirche wurde 1497 vollendet. Sie ist Maria geweiht (Patrozinium Mariä Heimsuchung 2. Juli).

Beim Gang in die Kirche kommt man zuerst südseitig durch einen wunderbaren Torbogen, der kielbogenförmig und reichlich stabverziert ist. Die Kirchenhalle selber ist im Inneren 14 m hoch und dreischiffig und wird von vorne nach hinten von 3 Säulenpaaren getragen. Eine sehr schön gegliederte Maßwerkbrüstung ziert die Orgelempore hinten. Der Altarraum vorne ist geräumig, aber wesentlich niedriger. Eine Besonderheit befindet sich vorne links, ein spätgotisches, rotmarmornes Sakramentshäuschen, deren es in OÖ nur mehr 16 gibt.

Von der einstmals spätgotischen Einrichtung (Flügelaltar) dürfen wir uns Gott sei Dank noch der Frauengruppe mit der wunderschönen Gottesmutter und der Reliefbilder des damaligen Flügelaltares erfreuen. Der Großteil der kirchlichen Ausschmückung ist barock. 1665 bestellte Balthasar Gleißer beim Rieder Bildhauer Veit Adam Vogl die beiden Seitenaltäre (den Nothelferaltar und den Apostelaltar).

Das waren allerdings seine letzten Aufträge in Zell, denn ein neuer Rieder Bürger kam rasch durch seine hervorragenden künstlerischen Leistungen zu großem Ansehen: Thomas Schwanthaler:
Er erhielt 1667 von Balthasar Gleißer den Auftrag für den Hochaltar, ein Prachtstück des sogen. Knorpelwerkstiles, das in seiner Mitte die mittelalterliche Frauengruppe mit Maria, der hl. Afra und der Hl. Magdalena beherbergt. Für die Zeller Kirche machte Schwanthaler weiters 1671 die Kanzel mit den vier abendländischen Kirchenlehrern. Das großartig barocke, kunstvoll geschnitzte Chorgestühl stammt aus dem Jahre 1715.

An die langjährige Bergbaugemeinde erinnert das Barbarabild (seit 1891) im Chorraum. Im Jahre 1894 wurde im Nordportal der Kirche eine Lourdesgrotte aus Korkeiche errichtet.

In den letzten Jahrzehnten ist sehr viel innen und außen renoviert worden: Die Kirche bekam ein neues Dach, die wertvollen Barockaltäre wurden renoviert und gegen den Wurmbefall behandelt, im Eingangsbereich wurde ein rollstuhlgerechter Aufgang geschaffen, die Fenster im Chorraum wurden erneuert und zuletzt wurde im Jahr 2010 der Turmhelm mit einem neuen Kupferdach versehen und die Turmfassade neu gestrichen.

Im Jahr 2014 wurden im Dachstuhl eine Gewölbesicherung mittels einer Stahlkonstruktion vorgenommen, der Dachstuhl ausgebessert, der Glockenstuhl erneuert und die 3 Stahlglocken aus dem Jahr 1921 durch 4 Bronzeglocken ersetzt.
Die Glocken wurden von der Firma Grassmayr aus Innsbruck gegossen und von den Künstlern Manfred Pohn aus unserer Pfarre und Sonja Meller aus Linz gestaltet. Sie sind folgenden Heiligen geweiht: Maria, Josef, Franz v. Assisi und Edith Stein.

Im Jahr 2015 wurden die Glasfenster im Hauptschiff und die Orgel saniert.