Die Taufkapelle
Die Johannes-Nepomuk-Kapelle liegt an der Westseite des rechten Seitenschiffs. Sie entstand in den 1730er-Jahren nach Entwürfen des bedeutenden Linzer Barockbaumeisters Johann Michael Prunner, als seine eigene Grabkapelle. Geweiht ist sie dem heiligen Johannes Nepomuk, der erst 1729 heiliggesprochen worden war.
Der Raum
Man betritt den querovalen Raum durch eine barocke Kommunionbank aus Marmor. Gegenüber rahmt ein Bogen über dem Altar die Statue des Heiligen, dahinter ein Glasfenster aus dem 20. Jahrhundert. Über dem weißen Altartisch erhebt sich ein hoher Tabernakel. Die Altarwand ist aus Glanzstuck, in ihren Nischen stehen die Heiligen Petrus und Paulus.
Das Kuppelfresko
Die Flachkuppel ist mit Fresken bemalt, die Tiefe vortäuschen. Leider wurden sie durch Übermalungen und Restaurierungsversuche stark beschädigt. Zu sehen sind die vier Kardinaltugenden, die drei göttlichen Tugenden und die Verschwiegenheit, darüber eine gekrönte Frau mit dem Bild des heiligen Johannes Nepomuk und ganz oben die Heilige Dreifaltigkeit.
Der Taufstein
In der Mitte des Raumes steht der Taufstein, 1770 von Johann Baptist Spaz geschaffen. Der Deckel mit dem segnenden Christus ist modern. Bis ins 18. Jahrhundert war die Stadtpfarrkirche übrigens die einzige Kirche in Linz, in der getauft wurde.