Rechtes Seitenschiff
Der Ignatiusaltar
Der Ignatiusaltar ist das Gegenstück zum Sakramentsaltar gegenüber. Sein Altarbild, 1777 in der Art von Bartolomeo Altomonte gemalt, zeigt den heiligen Ignatius, den Gründer des Jesuitenordens. Er kniet vor dem Altar und blickt zum Himmel, wo das Christusmonogramm erscheint. Einer der Putten darüber trägt den Wahlspruch der Jesuiten: „Zur höheren Ehre Gottes“.
Im Oberbild ist der heilige Aloisius von Gonzaga zu sehen, links und rechts stehen die Kirchenväter Ambrosius und Hieronymus. Um 1600 übernahmen die Jesuiten für Jahrzehnte die Predigt in der Stadtpfarrkirche.
Der Erasmusaltar
In der ersten südlichen Seitenkapelle zeigt das Hauptbild, wie der heilige Erasmus von Engeln in den Himmel getragen wird. Erasmus war Bischof von Antiochien und starb unter den Kaisern Diokletian und Maximian als Märtyrer. Die Engel halten die Zeichen seines Martyriums, darunter die Spindel mit den Eingeweiden. Das Oberbild zeigt den heiligen Karl Borromäus.
Der Florianaltar
Die zweite südliche Seitenkapelle ist dem heiligen Florian geweiht, der 304 unter Kaiser Diokletian nahe Linz den Märtyrertod starb. Seine Statue aus dem 19. Jahrhundert steht vor der oberen Hälfte des Altars, in der linken Hand die Fahne mit dem Wappen des Stiftes St. Florian, in der rechten einen Scheffel, den er ausgießt.
Das eigentliche Altarbild dahinter ist eine Kopie von 1860. Sie zeigt eine Ansicht von Linz zu Beginn des 18. Jahrhunderts. Am Altar stehen außerdem der heilige Antonius mit dem Jesuskind und der heilige Johannes Nepomuk.