Michaela Aigner absolvierte am Mozarteum in Salzburg unter anderem Musikerziehung, Kirchenmusik und Konzertfach Orgel mit Auszeichnung. Studien im Fach Orgel bei Daniel Roth am Conservatoire Strasbourg ergänzten ihre Ausbildung. Sie unterrichtet seit 1989 am Mozarteum das Fach Klavierpraktikum und ist seit 2001 als Lehrerin für Orgel und Generalbass am Konservatorium für Kirchenmusik der Diözese Linz tätig. Darüber hinaus ist sie auch Mitglied der Orgelkommission der Erzdiözese Salzburg und konzertiert als Solistin und Ensemblepartnerin im In- und Ausland.