Seit 2016 ist er Bischof von Linz, seine ersten 12 Jahre als Bischof verbrachte er aber in Tirol: Vor 20 Jahren wurde Manfred Scheuer im Innsbrucker Dom zum Bischof geweiht. Am 17. Dezember 2023 um 10.00 Uhr feiert er einen Dankgottesdienst im Linzer Mariendom.
Bis Ende September 2024 sind im Festsaal des Linzer Bischofshofs Werke des Künstlers Heimo Zobernig zu sehen. Die Ausstellung schlägt eine Brücke zum von Zobernig entworfenen Altarraum des Mariendoms.
Bei der Friedenslicht-Feier mit Bischof Manfred Scheuer am 9. Dezember 2023 wurde im Mariendom das Friedenslicht an Pfadfindergruppen aus 30 Ländern übergeben.
Als Fest mit der Botschaft "Es geht auch anders!" hat Bischof Manfred Scheuer das kirchliche Hochfest der unbefleckten Empfängnis Mariens bei seiner Predigt im Linzer Mariendom am 8. Dezember 2023 gedeutet.
Am 1. Dezember 2023 um 11 Uhr wurde in Steyr von Bischof Manfred Scheuer und anderen das Sonderpostamt Christkindl eröffnet. Mit dem „Christkindl-Stempel“ können Weihnachtsgrüße wieder in die ganze Welt verschickt werden. Das Bildnis der Heiligen Familie aus der Pfarrkirche Waldhausen im Strudengau ziert eine Weihnachtsbriefmarke.
Am 29. November 2023 fand in der Mengerstraße 23 in Linz der Tag der Linzer Hochschulen mit dem Wissenschaftsjournalisten Peter Illetschko, Superintendent Gerold Lehner und Bischof Manfred Scheuer statt.
