Die erste, vermutlich noch aus Holz erbaute Kirche dürfte von den "Griesbachern", einem ausgestorbenen Siedlergeschlecht, errichtet worden sein. Die erste urkundliche Nennung der Pfarre Gutau stammt angeblich aus dem Jahr 1122, dabei soll es sich allerdings um eine Fälschung aus späterer Zeit handeln. Gesichert ist aber das nächste historische Datum: Am 12. Oktober 1131 wurde das Presbyterium (Chor) der Kirche von Bischof Reginmar von Passau geweiht. 1147 wurde das Langhaus vollendet, von dessen Mauerwerk an der West- und Nordwand noch Reste vorhanden sind.

In der Urkunde aus 1131 wird der Pfarrsprengel beschrieben, der von Reichenstein im Süden bis Böhmen im Norden reichte und vermutlich von der Pfarre Ried abgetrennt wurde. Später entwickelten sich die einstigen Filialen von Gutau zu eigenen Pfarren, so etwa Lasberg, St. Oswald, Kefermarkt und St. Leonhard. Die Kirche gelangte samt zugehörigen Gütern noch im 12. Jahrhundert an das Stift St. Florian.

Im Besitz des Stiftes St. Florian blieb die Pfarre Gutau bis ins Jahr 1717, als sie durch den Tausch mit der Pfarre St. Gotthard in den Besitz der Starhemberger gelangte. Die bischöfliche Bestätigung erfolgte im Jahr 1735.

Der älteste, noch erhaltene Bauteil der Pfarrkirche aus dem 14. Jahrhundert ist frühgotische Friedhofs- oder Gruftkapelle (heutige Loretto- bzw. Marienkapelle), die im Zuge der Erbauung des gotischen Langschiffes in die Pfarrkirche einbezogen wurde.

Um 1400 ist der Bau des gotischen Chores anzusetzten, wenig später erfolgte an der Nordseite der Anbau der heutigen Taufkapelle.

Das uns vertraute Aussehen erhielt die Kirche mit der Errichtung des dreischiffigen, spätgotischen Langhaus mit dem eindrucksvollen Sternrippengewöbe und der Westempore im Zuge eines großzügigen Umbaues, der um 1510 abgeschlossen wurde.

Aus dieser Zeit stammt auch das reich verzierte Eingangsportal in die Sakristei.

Die auffallend schräge Westwand der Kirche (Rückwand) hängt mit der Einbindung des Turmes zusammen.

Der vermutlich vor der Kirche freistehende, in den Grundmauern noch romanische Turm wurde mehrmals aufgestockt und erhielt seinen jetzigen Helm nach dem Marktbrand im Jahr 1733.

Die barocke Ausstattung der Kirche erfolgte ab 1670.

Das Altarbild mit dem Hl. Ägidius und das Auszugsbild sind Werke des Barockmalers Clemens Beuttler aus dem Jahr 1679. Aus dieser Zeit stammen auch die barocken Konsolfiguren an den Seitenwänden des Kirchenschiffes und die Kanzel.

Die neugotische Ausschmückung und die Seitenaltäre wurde bei einer Renovierung im Jahr 1960 entfernt.

Die letzten große Innenrenovierung wurde 1980/81 durchgeführt, dabei wurde der Boden des Altarraumes angehoben, in der Taufkapelle ein Rundfenster eingebaut und neue liturgische Ausstattung des Linzer Bildhauers Hermann Dimmel angeschafft.

Die letzte Außenrenovierung erfolgte im Jahr 1989, wobei der Turm durch die Übermalung der Ecksteine wieder sein ursprüngliches gotisches Aussehen erlangte.