Die Stadtpfarrkirche ist im Zuge der Stadterweiterung am Beginn des 13. Jh. entstanden. Die zunehmende Bevölkerung verlangte einen größeren Kirchenbau. Östlich des neugeschaffenen Hauptplatzes und knapp an die Stadtmauer angebaut, dürfen Fertigstellung und Weihe des Gotteshauses um die Mitte des 13. Jh. stattgefunden haben (Patrozinium Maria Himmelfahrt). Die erste urkundliche Erwähnung ist mit dem 2. Februar 1286 datiert. Darin wird betont, dass Herzog Albrecht I. von Österreich dem Passauer Bischof und seinen Nachfolgern die Patronatskirche zugesteht. Seit dieser Zeit ist unsere Kirche Taufkirche.

Die Kirche wurde mehrmals erweitert (1441 nach einem Stadtbrand u.ö.).

Am 24. August 1493 wurde nach damaliger Begräbnissitte Herz und Eingeweide des in Linz verstorbenen Kaisers Friedrich III. in der Stadtpfarrkirche beigesetzt (Wandgrabstein rechts neben dem Hochaltar).

Ab 1600 übernahmen die Jesuiten die Seelsorge und waren auch für die Barockisierung verantwortlich.

Mit der Gründung der Diözese Linz bestimmte Kaiser Josef II. die Stadtpfarrkirche zum Sitz des Bischofs und des Domkapitels. Da aber die Jesuitenkirche durch die Aufhebung des Ordens frei wurde, bestimmte der erste Bischof von Linz die Ignatiuskirche (Alter Dom) zur Bischofskirche.

Die Veränderungen im 20. Jh. erbrachten nach dem 2. Vatik. Konzil die Aufstellung eines Volksaltares (1965). Außen- und Innenrenovierungen erfolgten 1966/67 und 1983. Im Jahre 1996 wurde das Kirchendach erneuert, 2001 wurde eine neue Orgel errichtet.