Bis zur Aufhebung des Ordens 1773 wurde die Ignatiuskirche von den Jesuiten betreut. 1785 wurde sie zur Bischofskirche (Domkirche) der neu errichteten Diözese Linz. Seit 1909 - nach dem Bau einer neuen Domkirche (Mariendom) - sind die Jesuiten wieder am Alten Dom tätig.
Der 50 x 21,5 x 25 m große, einschiffige barocke Kirchenraum wirkt vor allem durch seine Weiträumigkeit und hat zwei thematische Schwerpunkte: den Hochaltar und die Kanzel.
Zu beiden Seiten des Langhauses findet man jeweils drei Kapellennischen. In den drei linken Kapellen befinden sich der Kreuzaltar, der Josef-Altar und der Schutzengelaltar, in den rechten Seitenkapellen der Marienaltar, der Franz Borja-Altar sowie der Rosalia-Altar.
