Zu Ende des 15. Jahrhunderts bestand an der gleichen Stelle eine kleine Margaretenkapelle. Diese wurde auf Grund einer Bürgerstiftung durch einen spätgotischen Neubau ersetzte, eine Saalkirche 8 x 16 m), der 1513 vollendet wurde. 1532 fiel sie dem Türkensturm zum Opfer. Beim Wiederaufbau 1572 wurde sie mit einem neuen Dach und Dachreitern für Uhr und Glocke und einem Turm ausgestattet, in dem eine Türmerstube für die Feuerwehr ausgebaut wurde.
Nach dem Pestjahr 1644 erfolgte die Gründung einer Sebastiansbruderschaft, anschließend wurde im Altar die Darstellung des Martyriums des hl Sebastian errichtet. 1699 Aufstellung eines neuen Seitenaltares. 1731 erhält der Hochaltar ein neues Sebastiansbild (Antonio Strero, Garsten). 1740 wurde im Untergeschoß zwischen Kapelle und Dreherhaus eine Sakristei geschaffen. 1745 Spendung eines neuen Tabernakels durch Fr. v. Spindler. 1744 Errichtung eines neuen Hochaltares, in den das frühere Hochaltarbild aufgenommen wurde.
Als die Marktkapelle dem Kirchesturm Josephs II zum Opfer zu fallen drohte, erreichte man ihre Erhaltung mit der Bitte, dass sie für alte und gebrechliche Leute offen bleiben möge. 1847 Errichtung eines äußeren Aufganges. Renovierungen erfolgten bis in die heutige Zeit. Erwerbung einer Orgel um 1914 (Orgelbaufirma Mauracher, St. Florian). Erwähnenswert sind weiters die Plastiken der hl. Margareta und des hl. Thomas an den Außenseiten des Altares und überlebensgroße Statuen (hl. Josef mit dem Jesuskind und hl. Johannes Nepomuk) von Franz Wittmann. Auch eine spätgotische Tafel (um 1490) mit einer Darstellung vom Hinscheiden Mariens ist zu sehen.
Von Franz Wittmann stammt auch die künstlerisch wertvolle Krippe, die außerhalb der Weihnachtszeit im Ennsmuseum Kastenreith zu sehen ist.
