1107 schenkte der Reichsfreie Eppo von Windberg (Wimberg) an das Stift St. Florian ein großes Gebiet mit der schon selbstständigen Kirche St. Peter und den Filialsprengeln St. Johann, Keinzell, St. Veit, Helfenberg, St. Stefan, Haslach und St. Oswald. Kaiser Heinrich V bestätigte diese Schenkung. Die genannten Orte wurden mehrere Jahrhunderte von Ordenspriestern aus St. Florian betreut.
1224 erscheint Helfenberg urkundlich erstmalig als Filiale von St. Peter. So darf man St. Peter als Mutterpfarre Helfenbergs betrachten. Vermutlich war aber Helfenberg auch einmal Filiale von St. Johann.
In einem Schreiben aus dem Jahre 1545 beklagt sich der Pfarrer von St. Johann, Urban Draer über Wolf von Schallenberg auf Piberstein. Dieser bezahlte zu wenig „Zehente“ für den von St. Johann geschickten Priester, der die pfarrlichen Verrichtungen in Helfenberg besorgte.
Nach dem Historiker Dr. Ferihumer ist Helfenberg in einem Pfarrverzeichnis des 15. Jahrhunderts noch eine Filiale von Waldkirchen (Niederwaldkirchen). Nach der Pfarrchronik aus dem Jahre 1885 soll Helfenberg 1474 schon als Pfarre vorkommen, aber 1617 wieder mit „St. Stephan“ vereinigt worden sein. 1617 taucht (nach Dr. Ferihumer) Helfenberg in einem Pfarrverzeichnis auf.
Im Jahre 1682 tauschte das Stift St. Florian mit dem Bischof von Passau die Pfarre Ansfelden bei Linz ein gegen die Pfarren St. Johann, St. Veit, Helfenberg und St. Stefan. Ab dem angegebenen Jahr wird Helfenberg von Weltpriestern betreut. 1785 wurde die Diözese Linz gegründet und die Pfarre Helfenberg dieser zugeordnet.
Früher gehörte das Gebiet zum alten Bistum Passau, welches 739 vom Heiligen Bonifatius erreichtet worden war.
Die ursprüngliche Pfarrkirche St. Erhard soll bei der alten Linde (heutiges Kriegerdenkmal) gelegen sein. Darauf scheinen Funde hinzuweisen, die 1920 beim Straßenbau zum Helfenberger Schloss gefunden wurden. Man fand die Umrisse einer kleinen Kapelle. Vielleicht stand dort das alte Schloss und in dessen Schutz die Kirche.
Das jetzige Gotteshaus liegt im Ortszentrum, am Ufer der steinernen Mühl. Es war ursprünglich im gotischen Stil erbaut. Der gotische Turmeingang, das spätgotische Hauptportal und der Vorderteil der Kirche zeugen dafür. Kirchenpatron ist der Hl. St. Erhard, Bischof von Regensburg.
Da sich das Kirchlein Hl. Erhard als zu klein erwies, fasste Pfarrer Franz Caesar den Plan, das Gotteshaus zu einer geräumigen Pfarrkirche umzubauen.
Bauherr war die Herrschaft Pürnstein, vertreten durch den Pfleger von Pürnstein und Helfenberg, Wolf Karl Moser von Anwalding. Die Bauaufsicht hatten der Pfarrer und der Schulmeister. Baumeister war Johann Michael Prunner.
Die Pfarrbewohner mussten mit ihren Fuhrwerken Robotarbeit leisten.
So mussten vom Ziegelstadel in Ahorn 54.850 Mauerziegel, aus dem Vorwald 139 Stämme Bauholz und für das Dach 36.700 Schindel beigebracht werden.
Die Pfosten, Bretter und Läden lieferten Matthias Past von der Waldmühle, Andreas Scheucher von der Hintermühle, Melchior Kitzmüller von der Hofmühle, Simon Kietzberger von der Fauxmühle und Thomas Reingruber von der Kitzmühle.
1712 begannen die Bauarbeiten und im Sommer 1717 war das neue Gotteshaus fertig und mit renovierten Altären und einer neuen Orgel eingerichtet.
1956 wurden Umfangreiche Außenrenovierungsarbeiten an der Pfarrkirche durchgeführt.
