Aichkirchen gehörte früher zur großen Mutterpfarre Gaspoltshofen und wurde als Filiale von Neukirchen aus verwaltet, und zwar nachweisbar vom Neukirchner Vikar und dessen Gesellpriester seit 1570 an. Erst 1614 wurden Aichkirchen und Neukirchen dem Stift Lambach zur Seelsorge übertragen und am 21. Dezember 1667 ganz dem Stift inkorporiert. Bis 1720 wurde Aichkirchen vom Neukirchner Pfarrvikar betreut, der bis 1760 aber im Stift Lambach wohnte und demnach lange Fußmärsche zu machen hatte.
Erst um 1750 wurde Pater Maurus Lindemayr, um 1759 der Linzer Minorit P. Koloman, zeitweise als Missionär nach Aichkirchen exponiert, nachdem von 1720 an endlich auch ein eigener Seelsorger für Aichkirchen bestimmt worden war, der aber nur zur Osterzeit und an den Tagen, an denen in Aichkirchen Gottesdienst gehalten wurde, in die Pfarre kam. Die übrige pfarrliche Sakramentespendung besorgte noch immer der Vikar von Neukirchen. Im Februar 1760 wurde den Aichkirchnern an allen Festtagen eine besondere Predigt und ein Amt zugestanden, der sonntägliche Gottesdienst musste in Neukirchen besucht werden.
Im Jahre 1782 erneuerten die Aichkirchner ihr Ansuchen um Exponierung ihres Seelsorgers und um Erlaubnis eines Tabernakels. Am 17. April 1784 wurde schließlich das Stift Lambach von der Landesbehörde angewiesen, auf eigene Kosten einen Lokalkaplan nach Aichkirchen zu exponieren.
Als im Friedensschluss 1809 (Napoleon) vorübergehend Salzburg und das Innviertel an Bayern abgetreten werden musste, kamen 1810 11 Ortschaften der Pfarre Niederthalheim mit einer Seelenzahl von 420 zur Pfarre Aichkirchen und blieben bis 1821 hier eingepfarrt. (Niederthalheim 33 Häuser, Imming 5, Niederau 7, Unterstaindlberg 2, Oberstaindlberg 2, Kaiting 7, Hehenberg 7, Oberau 1, Bergham 5, Weikharting 2, Moos 4)
