Die Chororgel ist das Gegenstück zur Kanzel. Ihr Gehäuse mit seiner geradezu musikalisch schwingenden Form und seiner reichen Puttoverzierung wurde wie die Kanzel von den Augsburger Stukkateuren gestaltet. Das Orgelgehäuse, das in den Kirchenraum hineinragt, bildet zusammen mit der ebenfalls hervortretenden Kanzel eine Art Raumverengung, die eine Blickkonzentration auf den Altar hin bewirkt.

Das Orgelwerk schuf der Linzer Orgelbaumeister Nikolaus Rumel d.Ä. 1746. Es wurde bis heute nicht wesentlich verändert. Anton Bruckner zählte die Wilheringer Chororgel zu seinen Lieblingsorgeln.